Die heutige St. Jacobikiche hat eine Vorgeschichte, welche weit in das Mittelalter zurück reicht. Seit dem 13. Jahrhundert gab es in Döbeln auf dem Niedermarkt eine zweite Kirche, welche den westlichen Teil Döbelns seelsorgerlich betreute. Sie war dem Apostel Jacobus geweiht, von dessen Leichnam angeblich ein Teil in dieser Kirche aufbewahrt wurde.

Entsprechend der mittelalterlichen Frömmigkeit war diese Reliquie ein großer Anziehungspunkt. Regelmäßig fanden daher große Wallfahrten zur alten Jacobikirche statt.

Im Jahre 1523 fiel diese Kirche auf dem Niedermarkt dem großen Stadtbrand zum Opfer und wurde nicht wieder aufgebaut. Als gegen Ende des 19. Jahrhunderts die Nicolaikirche renoviert und in ihrem Inneren der Zustand von 1485 wiederhergestellt wurde, gingen in der großen Stadtkirche viele Plätze verloren. Die Folge war, dass, besonders an Festtagen, die Gottesdienste überfüllt waren und daher mehrere Gottesdienste hintereinander abgehalten werden mussten.

So beschloss der Kirchenvorstand im Jahre 1902 den Bau einer zweiten Kirche. Sie wurde nach nur gut einem Jahr Bauzeit, der Entwurf stammte vom Döbelner Stadtbaumeister Otto Richter, am 15. September 1904 eingeweiht.